Het Agentschap Natuur en Bos is eigenaar van het Zwin sinds 2006. Het Agentschap wil de ecologische dynamiek in dit belangrijke Natura 2000-gebied herstellen, zodat de Europese vogel- en habitatrichtlijn naar behoren kan worden ingevoerd. Daartoe wordt de verbindingsgeul met de zee uitgediept, worden gebieden met overdadige grasgroei begraasd of afgeplagd en lage gebieden verder uitgegraven. Het herstel van een lagune moet zorgen voor een veilige plek waar vogels kunnen foerageren en nestelen. Het uitdiepen van de geul moet ook de getijdenwerking in het gebied vergroten zodat de verzanding van het Zwin wordt afgeremd.